La doctrina católica formal durante la Edad de Oro de la cultura peninsular no desempeñó un papel muy importante en las creencias, principalmente folclóricas, de los españoles. La práctica religiosa estaba más relacionada con lo tradicional y con lo sociable que con lo teológico. Las personas buscaban remedios y prácticas populares, conocimientos exóticos y soluciones espirituales y místicas para aliviar sus preocupaciones fuera de la Iglesia. Incluso en el corazón de España, la más alta nobleza de la corte de Felipe II se volvió seguidora de excéntricos profetas. Los dogmas de la Iglesia apenas penetraban en la religión cotidiana: por ejemplo, la doctrina del purgatorio no se declaró formalmente en España hasta el siglo XVII, y a lo largo de ese siglo hubo amargas disputas en el clero acerca de si la Virgen María había nacido libre del pecado original. El matrimonio, e incluso el bautismo, generalmente eran rituales comunitarios antes que religiosos. La práctica de la religión era esporádica.

En la ciudad de Bilbao, de acuerdo a lo informado por un inquisidor en 1547: "Según dicen curas y vicarios que en ella residen, no se confiesan 500 personas, habiendo en ella más de 6000 almas". En el norte de Aragón, como advertía uno de sus colegas en 1549, había muchos pueblos "que nunca vieron ni conocieron ni Inquisición ni Iglesia". La profundidad del catolicismo español, durante y después del período de la Contrarreforma, sigue siendo susceptible de debate.

El problema era particularmente grave en las zonas rurales. Por ejemplo, en Galicia en 1585, los inquisidores admitieron que las dudas en cuanto a la presencia de Cristo en el sacramento de la eucaristía eran generalizadas, aunque "más por ignorancia que por malicia", y que el cuestionamiento de la virginidad de María era "por pura torpeza más que por ofender". Tuvieron el caso de un hombre de una taberna que, cuando un sacerdote que estaba allí presente afirmó poder convertir un trozo de pan en el cuerpo de Cristo, exclamó con incredulidad: "¡Vate de ahí! Dios está en el cielo y no en esa hostia de pan que vos coméis en la misa!". En Granada, en 1595, un pastor de pueblo de Alhama afirmó no creer en la confesión y dijo a sus amigos: "¡Qué confesión pensáis que es la que se haze con un clérigo que tan pecador es como yo, que la perfecta confesión es la que se haze con Dios!". Los inquisidores llegaron a la conclusión de que "parecía muy rústico e ignorante y de poca capacidad de entendimiento", y lo enviaron a un monasterio para que recibiera educación. Por supuesto que se trata de una época de analfabetismo, pero ¿cuán extendida estaba la ignorancia en cuanto a la religión? Si realmente hubo una mejora en cuanto a los conocimientos religiosos elementales, definitivamente no fue generalizada. En zonas de España que no gozaban de la densidad clerical y de escuelas que podía encontrarse en Madrid y Toledo, la ignorancia estaba a la orden del día. Lo mismo sucedía en el escepticismo, el cual no había surgido por hostilidad contra la doctrina oficial, sino como consecuencia del uso del propio sentido común."